На граничните премини кон Хрватска од Босна и Херцеговина и од Србија во моментов се бележат значителни застои, по воведувањето на новиот систем на Европската унија за влез и излез – Entry/Exit System (EES). Системот собира биометриски податоци од сите државјани на трети земји при секое преминување на границата, со цел да се зголеми безбедноста, но значително го забавува процесот на проверка.
Новиот систем на ЕУ за влез и излез (EES) предизвикува долги чекања на граничните премини кон Хрватска. На некои премини се чека и до четири часа поради биометриски контроли.Најдолги колони се забележани на преминот Бајаково, каде што времето на чекање достигнува и до четири часа, додека на Јасеновац се чека околу три часа. На останатите премини од Босна и Херцеговина колоните се задржуваат околу два часа, а на премините од Србија времето на чекање варира од 30 минути до еден и пол час.
При првиот влез во Хрватска, државјаните на трети земји даваат биометриски податоци отпечатоци од четири прсти и фотографија на лицето. Овие информации се зачувуваат во системот и се користат при сите наредни преминувања, а службениците ги споредуваат со лицето во живо. Системот не се применува на државјаните на Европската унија, кои продолжуваат да ја преминуваат границата со патна исправа или лична карта без да даваат биометриски податоци. Надлежните институции истакнуваат дека EES е воведен за зголемување на безбедноста и ефикасноста на граничните контроли, но во првите денови од примената предизвикува значителни доцнења и подолги чекања.
